預算管理系統是高校財務管理系統的核心，系統應支持多種預算編制和控制方式，完成從預算編制、預算網上申報、預算審批、預算下達、預算撥款、預算執行到控制分析的全過程管理，能與項目管理、網報系統、會計核算、會計報表系統完全一體化，對預算執行情況、經費使用情況進行實時控制，使預算編制、下達、執行與決算達到高度的協調統一，增加預算管理的可控性和透明度。
(1)預算申報。校內各部門可在線通過系統提交各類經費預算的申報，其中，收入預算通過定義收入明細項由各部門進行測算，支出預算由各部門根據項目進行申報，各年重復執行的項目或涉及多期的項目預算在申報時申報人可實時查看以往的預算數、實際數和余額，在收入明細項和項目的支出項中應定義對其他不同口徑預算指標的對應關系，以便系統能查詢、統計匯總不同預算范圍、不同口徑的預算指標數，從而能同時滿足校內、預算主管部門、審計部門等不同層次預算管理的需求；根據項目的控制要求，實現對預算是否進行明細項申報的控制，系統既可分年度申報預算，也支持多年期預算申報和多年滾存的預算編制，支持對預算的調整；
(2)預算審批。根據項目預算配置的審批流程可在線進行預算的各級審批，財務人員在審核項目預算時可對項目預算的資金來源進行配置，根據學校的財務情況合理分配預算數，設置支出順序；對項目預算的費用項進行審核，根據項目性質可對項目預算是否為預算項、決算項、是否結轉、凍結、鎖定預算額度等參數進行靈活配置，從而實現對預算的有效管理。
(3)預算下達。可根據不同項目預算管理的要求，提供多種形式的預算下達，如：普通預算下達、學費分配下達、項目下達轉移、經費待分配下達等，并可按不同的資金配置、定額和比例進行下達；財務人員可以在年底清算下達數結余、核減項目基金下達數；
(4)預算控制。根據項目配置的控制方式和控制方案以及預算編報中各預算控制參數的配置在預算執行過程中對項目預算可進行有效的控制，項目報銷支出時，可實時顯示項目的預算數、下達數、到款數以及實際可動用數；
(5)預算結轉。可按項目屬性進行項目預算的年度結轉，并可以設置具體結轉方式和結轉內容；
(6)決算管理。與項目管理、網報系統、會計核算系統無縫銜接，實現預算、核算、決算完全一體化，系統可實時查看預算執行情況，并可按項目、時間段、部門、資金來源、預算范圍等隨時提供各種類型的決算信息，自動提供年終決算報告；可按照省統一的預決算報表格式，自動生成符合規定的報表，可以手工調整，保證報表準確性；
(7)預決算查詢與統計分析。提供多層次、多維度項目預算及其執行情況分析，提供收支預算平衡分析，以滿足多種管理需求。
